Mucho se ha discutido sobre el origen de la población de la España islámica, la tradición, que siempre los ha considerado invasores exóticos, les atribuye un origen principalmente africano.
La modernidad, los quiere hacer descender de ibero-romanos convertidos al islam. La genética puede ayudar a esclarecer las dudas al respecto.
Haplogrupos del ADN mitocondrial
Hasta ahora, se ha estudiado el ADN mitocondrial de 3 poblaciones andalusíes. En total 155 individuos. En la tabla de abajo se comparan sus haplogrupos más relevantes con los de diversas poblaciones actuales:
Por otra parte, da la impresión que los haplogrupos norteafricanos, U6 y M1 abundan más en la península ibérica conforme se avanza hacia el oeste en vez de hacia el sur. De acuerdo a las muestras analizadas, da la impresión de que la población andalusí no estaba más emparentada con la norteafricana que la población española actual o la de origen europeo o judío.
Haplogrupos del cromosoma Y
A falta de estudios arqueológicos suficientes, podemos intentar deducir el origen genético de los habitantes de la España islámica comparando los haplotipos de las zonas de la península ibérica que más tiempo estuvieron bajo en poder del islam con las que menos.En un estudio del año 2006 titulado the Genetic Legacy of Religious Diversity an Intolerance Se analizaron los haplotipos del cromosoma Y de 1140 varones de Península y Baleares para evaluar el impacto de las contribuciones judías y africana. Se trataron las poblaciones de estudio como híbridos de tres poblaciones parentales, vascos como la muestra parental ibérica, marroquíes como la muestra africana y una muestra judía sefardí.
En la siguiente imagen, basándose en la tabla anexa del estudio, se determinan los porcentajes de las tres poblaciones parentales de las zonas de la zona norte (conquistada antes del año 1000) y sur (conquistadas despues de 1200) de la península. Para evitar sesgo alguno, el peso de la aportación vasca a dicho estudio (116 personas) ha sido reducido a la mitad, mucho más acorde con el porcentaje real de población vasca.

La mayor ascendencia judía sefardí nunca se da en la zona donde existieron más comunidades judías (el norte), sino en las que estuvieron más tiempo en poder del islam. La diferencia es lo bastante notable y la muestra lo bastante amplia como para atribuir dicha diferencia a la pura varianza estadística.
Autor: José María Reula Bordes para revistadehistoria.es
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Bibliografía:
-The genetic legacy of religious diversity and intolerance: paternal lineages of Christians, Jews, and Muslims in the Iberian Peninsula.
–La “maqbara” de Pamplona (s. VIII). Aportes de la osteo-arqueología al conocimiento de la islamización en la Marca Superior / María Paz de Miguel Ibáñez
-Study of medieval critical samples—a genetic approach to the study of the Mudejar Community
-Human mitochondrial DNA diversity in an archaeological site in al-Andalus: genetic impact of migrations from North Africa in medieval Spain.
-Meta-Analysis of Mitochondrial DNA Variation in the Iberian Peninsula.
-Portuguese crypto-Jews: the genetic heritage of a complex history.
-Mitochondrial DNA sequence variation in Jewish populations.
-MtDNA polymorphisms in five French groups: importance of regional sampling.