Nacido en Valladolid o en Torquemada (Palencia), fue hijo de Pedro Fernández y de Mencía Ortega, descendientes de conversos. Su padre fue regidor de la villa de Torquemada y tuvo panteón familiar en la capilla del Crucifijo de la iglesia del convento de San Pablo de Valladolid.
El hermano de su padre, Juan Torquemada, cardenal y prior del convento dominico de San Pablo de Valladolid, influyó en la vida de Tomás. Siguiendo los pasos de su tío, Tomás toma el hábito dominico en el convento de San Pablo de Valladolid. Más tarde será elegido prior del convento de Santa Cruz de Segovia. No hay datos fidedignos sobre su juventud.
Tomás de Torquemada, Inquisidor general
Se convierte en consejero del gobierno por su capacidad organizativa y su forma rigurosa de trabajo en los asuntos del Estado. Su Memorial de 1479, que entregó a la reina, hace hincapié en tres aspectos importantes: